爱努人的外观相当独特，体格壮硕、浓眉大眼，外观较类似欧洲人种，但皮肤却相对黝黑。而且爱努人体毛十分浓密，是现今体毛最多的人种之一，因此长久以来男性都会蓄胡，这样的型态与亚洲人种不太相同，但却真实地存在。他们千百年来长居于此，自给自足，捕猎渔捞，并将捕获的动物毛皮，与前来此地经商的日本和人，进行以物易物的交易，换取部分生活所需的物品。
然而爱努人与日本和人的相处，在和人势力逐渐强大之后，渐渐趋于弱势，彼此也开始出现摩擦与争执。尤其是进入江户时代之后，因德川幕府政权趋于稳定，便将发展目标放在虾夷地（现今的北海道）的开拓，不但将虾夷的管理交给经营已久的松前藩，还将包括千岛群岛、南库页岛、道东及道北等地，置为天领，直属幕府所有。在这样的经营方针下，生活于此的爱努人，开始受到来自遥远江户的压迫，虽有数次零星的反抗，但最终都以失败告终，爱努人数百年来的悲惨历史，就此展开。
由于自18世纪开始，江户幕府积极开拓虾夷地，并在附近设置多个渔场，让渔人前往捕鱼，爱努人的存在，对江户幕府而言，显得碍眼。 为了加强虾夷的统治，也因此幕府展开同化政策，开始逼迫爱努人改变自身的风俗与生活习惯。最显而易见的，就是爱努人必须改穿和服，并且要剃胡与刮除体毛，还被迫要取日本姓名。此外，由于日本和人大量进入虾夷，不但引发冲突，还带来了传染病，这也导致毫无抗体的爱努人，因此而死亡，导致爱努人的族群人口大量减少。
1855年德川幕府与俄罗斯帝国签订《日俄和亲通好条约》，确认择捉岛、国后岛、色丹岛与齿舞群岛等南千岛，主权归属日本，至于库页岛则成为两国居民皆可居住的区域。1868年大政奉还，日本的统治权由德川幕府改为明治政府统治，并开始推动明治维新，隔年明治政府将虾夷改称北海道，并设置北海道开拓使。日本将北海道纳入国土之后，1871年日本实施户籍制度，居住在北海道与南千岛的爱努人，就这样成了日本国民。
而且在户籍上，爱努人被登记的是平民，也就是日本政府，并不承认爱努人是原住民，再者，日本政府还下达命令，一律禁止爱努人的风俗习惯，包括原本祭拜大自然的宗教等，这是爱努人遭到文化刨根的开始。1875年日本与俄罗斯再次签订《库页岛千岛群岛交换条约》，日本放弃库页岛主权，但获得完整的千岛群岛，而居住两地的爱努人，却分属两个国家，就如同一个家庭却遭分散，让爱努族再次受到打击。
1899年日本政府颁布《北海道旧土人保护法》，名义上以保护爱努族，但实际上却是逼迫爱努人进入学校学习日语，并明文禁止所有爱努人的风俗习惯，让爱努人成为真正的日本人。经过长期的同化政策，爱努人逐渐失去了文化，而非我族类的观念，也让爱努人在日本社会受到排斥与歧视。也因此，不少爱努人隐瞒自己的身份，只期望不会受到歧视，而历经江户与明治时代，爱努族的人数也大幅减少，根据北海道厅的统计，一百多年来属于爱努族的人口仅有万余人，相对于大批自本州等地移居北海道，数以百万计的日本人，真的是十分稀少。
